Bij jonge kinderen is de diagnose UWI niet gemakkelijk te stellen. In deze leeftijdsgroep is de klinische presentatie van een UWI met symptomen als koorts, prikkelbaarheid en braken vaak aspecifiek. Bevestiging van de diagnose door laboratorium-onderzoek vereist het verkrijgen van een niet gecontamineerd urinemonster; dit is een uitdaging bij kinderen die niet zindelijk zijn.
Wanneer de diagnose UWI niet wordt overwogen of de behandeling met antibiotica wordt uitgesteld, kan dit leiden tot een acute klinische verslechtering en daarnaast kan dit op lange termijn mogelijk resulteren in nierschade. UWIs kunnen een signaal zijn van een ernstige aangeboren afwijking zoals obstructie die, als die niet wordt verholpen, kan leiden tot een ernstiger beloop maar ook tot nierschade. Ook kunnen infecties gepaard gaan met progressief functieverlies van de nier, hetzij samen met nierdysplasie, hetzij met acute pyelonefritis Ongeveer een derde van de kinderen met een UWI heeft vesico-ureterale reflux (VUR), de helft hiervan is bilateraal.